Bệnh tay chân miệng gây ra do các loại vi rút thuộc nhóm đường ruột, gồm Coxsackie, Echo và các vi rút đường ruột khác, hay gặp là vi rút đường ruột týp 71 (EV71) và Coxsackie A16.
Viêm não và viêm màng não giai đoạn nặng thường gây hôn mê co giật, không điều trị kịp thời dễ tử vong, di chứng.
Khi màng não bị tổn thương do nhiều nguyên nhân khác nhau, trên lâm sàng sẽ thấy biểu hiện của hội chứng màng não (meningismus).