Giống như nhiều loại thuốc khác, các thuốc kháng sinh cũng có khả năng ít nhiều gây ra những tác dụng phụ cho người bệnh. Có thể chia các tác dụng phụ này thành 3 loại chính: tác dụng phụ về mặt vi trùng học, phản ứng dị ứng, và tai biến do độc tính của kháng sinh.