Hạn chế bị nhiễm khuẩn là cách tốt nhất để giảm cơ hội bị bệnh tự miễn. Tuy nhiên nếu chỉ phòng chống nhiễm trùng không thôi thì chưa giúp phòng ngừa được những nguyên nhân tiềm ẩn khiến hệ miễn dịch mất đi khả năng chống chọi với mầm bệnh ngay từ những vị trí đầu tiên. Tăng cường chuyển hóa và có lỗi sống lành mạnh sẽ giúp củng cố hệ thống phòng ngự tự nhiên và giúp hệ thống miễn dịch được nghỉ ngơi và hồi phục.