Miêu tả chính xác về hệ sinh thái này, giới y khoa đã sử dụng định nghĩa hệ vi sinh ruột để mô tả bao quát tập hợp các vi sinh vật khác nhau sống cộng sinh trong đường ruột, bao gồm vi khuẩn có lợi, vi khuẩn có hại, vi rút, nấm và các loại ký sinh trùng khác.