Cũng như các tình trạng khác gây sẹo trên da, sẹo mụn được tạo ra khi mô da bị tổn thương. Các loại mụn khác nhau để lại các loại sẹo khác nhau (một số loại không để lại sẹo sau khi lành). Ví dụ, mụn trứng cá viêm có nhiều khả năng để lại sẹo vì nó có thể làm tổn thương da nhiều hơn mụn viêm nhỏ hoặc không bị viêm. Các mụn bọc, hoặc mụn nang bị viêm có thể làm hỏng mô da. Mụn trứng cá nang có thể để lại sẹo nghiêm trọng.
Khi có vết thương trên da, cơ thể sẽ sản sinh ra các mô tế bào đặc biệt để chữa lành vết thương. Lớp da được hồi phục đó gọi là vết sẹo.