Tương tự các trường hợp dị ứng thực phẩm khác, dị ứng hạt cây là do hệ thống miễn dịch của cơ thể phản ứng với hạt mặc dù loại hạt đó không có hại cho cơ thể. Bất cứ thứ gì có trong thực phẩm gây ra phản ứng của cơ thể đều được gọi là chất gây dị ứng.